Krankheiten und Wachstumsstörungen an Tomatenpflanzen können unterschiedliche Ursachen haben. Die wichtigsten und häufigsten sind:[6]

• Pilzbefall, beispielsweise durch Phytophthora infestans (Kraut- und Braunfäule), Alternaria solani (Dürrfleckenkrankheit), Stemphylium solani (Stemphylium-Blattfleckenkrankheit), Cladosporium fulvum (Samt- und Braunfleckenkrankheit), Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fusarium-Welke), Verticillium albo-atrum (Verticillium-Welke), Botrytis cinerea (Grauschimmel), Phytophthora parasitica, Alternaria tomato, Septoria lycopersici, Sclerotium rolfsii, Colletotrichum-Arten, Botryosporium-Arten;

• Bakterienbefall, beispielsweise durch Xanthomonas campestris pv. vesicatoria, Corynebacterium michiganense, Tabakmosaikvirus;

• Nährstoffmangel und ungünstige Wachstumsbedingungen mit verschiedenen Schadbildern, zum Beispiel Blütenendfäule (meist durch Kalziummangel), Platzen der Früchte (zu schnelles Wachstum vor allem nach Stress)

• Tierische Schädlinge.

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